Một ngày xấu trời nào đó, Tokyo bị thất thủ trước một tai ách kỳ lạ, cả trăm vạn sinh mạng bỗng chốc tan biến vào trong màn khói tím huyền bí. Cả khu vực Tokyo rộng lớn bị xâm thực trở thành 1 không gian khác (được gọi là «Critical•Area») tách rời khỏi hiện thực, chỉ có thể ra vào thông qua những địa điểm đặc biệt gọi là «Spot».

Chiếm giữ «Critical•Area» là những sinh thể hùng mạnh gọi là Enemy of Mankind (E.O.M), trong đó có 1 E.O.M «Hameln» là thủ phạm đã nuốt cả trăm vạn sinh mạng kia. Và nam chính Renji là người duy nhất chứng kiến E.O.M xơi tái crush cùng những người kia.

Chẳng ai tin lời cậu nói, chẳng ai chịu cho cậu tham gia công cuộc cứu trợ, cậu bất lực trong sự tuyệt vọng cho tới khi gặp Kanata—nguyên là 1 idol violin— và nhận lời mời làm đối tác của cô nàng trong việc tự ý xâm nhập vùng cấm nhằm tìm lại người thân thương nhất đã mất.