Bối cảnh của Notes. là chính Trái đất trong một tương lai xa. Sau khi loài người tàn phá trái đất bằng sự ô nhiễm và chiến tranh, tất cả các giống loài đã tuyệt chủng cùng với nó, chỉ trừ một giống loài duy nhất chính là thủ phạm gây ra điều này. Họ đã sống sót bằng cách sử dụng công nghệ để có thể duy trì sự sống của bản thân một cách giả tạo. Thậm chí, họ còn tạo ra chủng loài người cải tiến để có thể sống trên hành tinh đã đổ nát này, và A-rays, những sinh vật được tạo nên từ công nghệ gen bằng cách kết hợp con người với các dạng sống khác nhau.

Một trận chiến đã nổ ra giữa loài người cải tiến và A-rays, khiến cho những gì còn sót lại trên Trái đất đều bị phá hủy, cùng với đó là sự thất bại đã đẩy những người cải tiến tới bờ vực của sự diệt vong. Đột nhiên, trận chiến bị gián đoạn bởi sự xuất hiện của 8 Aristoteles, những kẻ chỉ biết đến việc tận diệt bất kỳ sự sống còn sót lại nào của hành tinh chết này.