Gia tộc thần bí lấy bối cảnh một phiên bản huyền bí hơn của cố đô Kyoto, nơi con người không phải là những cư dân duy nhất. Ngạo nghễ bay lượn trên bầu trời có loài Thiên cẩu, ẩn náu trong rừng thiêng và đội lốt trà trộn trong loài người có Tanuki, hoành hành mỗi khi mưa bão đến là Phong Thần Lôi Thần... Giữa bối cảnh đó, câu chuyện tập trung vào một gia đình Tanuki gồm bốn anh em sống cùng mẹ, cố gắng khỏa lấp khoảng trống để lại sau sự ra đi của người cha.