Kẻ dị biệt tại trường học phép thuật lấy bối cảnh thế giới tương lai, khi mà phép thuật không còn là sản phẩm của trí tưởng tượng, truyền thuyết hay cổ tích nữa mà đã trở thành công nghệ có thật. Phép thuật được giảng dạy phổ biến tại các trường cấp ba và đại học, trong đó trường Trung học Đệ Nhất là trường cấp ba danh giá nhất trong số chín trường cấp ba trực thuộc Đại học Phép thuật Quốc gia. Tại ngôi trường này, có hai anh em cùng huyết thống là Tatsuya và Miyuki đang chuẩn bị bước những bước chân đầu tiên vào cuộc sống trung học tươi đẹp của mình.

Nếu như trong tập đầu tiên, tác giả đã bước đầu đưa người đọc vào một thế giới phép thuật đậm chất khoa học viễn tưởng với những mô tả rất chi tiết và thuyết phục, thì trong tập thứ hai này câu chuyện sẽ được đẩy lên cao trào với những diễn biến đầy hấp dẫn và bất ngờ. Đó là sự xuất hiện của “phe đồng minh” với những lối tư duy phản biện nghe có vẻ thuyết phục nhưng ẩn chứa đằng sau là những âm mưu chính trị sâu xa. Đó là một cuộc hỗn chiến ở quy mô lớn hơn rất nhiều so với trận chiến Tatsuya đã trải qua ở tập 1 trong tuần lễ chiêu mộ thành viên CLB. Và cuối cùng, khép lại phần đầu tiên mang tên “Nhập học” của series light novel bom tấn này sẽ là một cái kết ngọt ngào hay chỉ là tấm màn đầu tiên được hé mở để lộ ra những âm mưu kinh khủng về sau?