Tháng 3 năm 2021, thế giới tiếp tục đối mặt với hậu quả của đại dịch Covid. Câu chuyện xoay quanh Kosane Kiriha, một sinh viên mới tốt nghiệp 24 tuổi có cuộc sống đang trên đà đi xuống. Do dịch Covid, cô ấy dự đoán mình sẽ thất nghiệp trong vô vọng sau khi tốt nghiệp. Sau một chấn thương ở đầu, Kosane Kiriha phát hiện ra mình không có não. Ngay sau đó, Kyubey xuất hiện trước mặt cô và tiết lộ rằng không - thời gian đang liên tục sụp đổ xung quanh cô.

Được hướng dẫn bởi một lá thư bí ẩn được tìm thấy trong đầu cô, Kosane và Kyubey du hành tới tương lai 800.000 năm sau. Ở đó, họ gặp Homo magica, một loài chỉ bao gồm các Ma pháp thiếu nữ.

Bị ám ảnh bởi giọng nói của người em gái song sinh đã chết, Kosane chạy trốn về hiện tại và biết rằng năm 2021 là một "căn phòng kín" mà cô không thể trốn thoát. Khi cố gắng chống lại số phận, cô khám phá ra lịch sử tiến hóa của loài người và các Ma pháp thiếu nữ, bản chất của phép thuật, ý chí của vũ trụ và nguồn gốc của linh hồn.