3 năm sau trận tử chiến ở Trụ Sở NERV, nơi Dự Án Cải Hoàn Nhân Loại được thực thi, và thứ được dâng hiến ở ngôi đền ánh sáng, không phải là Shinji, mà là Asuka và Eva-02.

Khi cả thế giới đang dần gầy dựng lại…

Và mọi người đang dần quen với sự yên bình…

Chỉ có NERV vẫn luôn trong trạng thái thấp thỏm….

Từ dưới đáy lòng chảo Hakone, nơi căn cứ của họ được khôi phục, tất cả bọn họ đều khiếp sợ, vì họ không thể buông xuôi vũ khí.

Không một ai biết tương lai sẽ ra sao khi Dự Án Cải Hoàn Nhân Loại đã sụp đổ. Chỉ có hai câu hỏi được đặt ra:

- Loài người…sẽ phải làm gì đây?

- Và liệu mối hiểm hoạ đã thật sự biến mất?

***

Không có thứ gì theo đúng kế hoạch cả.

Đáng lẽ nhân loại sẽ không còn là một tập hợp các cá thể phân biệt nữa. Tiền Địa Khu đã há rộng mái vòm tới trời xanh, nhưng bầy Eva Sản xuất hàng loạt (MP Eva) đang bủa vây xung quanh Eva-02 – thay vì Eva-01 và Shinji.

Ở ngưỡng cửa của nghi thức cuối cùng của Dự Án Cải Hoàn Nhân Loại, với Asuka và Eva của cô ở trung tâm thánh địa, Eva-01 đã giành lấy chiến thắng sau một trận chiến quyết liệt với những kẻ tấn công Trụ Sở NERV và ngăn chặn cái nghi thức đó.

Cây Sự Sống, thứ đã xuất hiện trên bầu trời khi cây Giáo Longinus đâm xuyên Eva-02, đã tàn lụi. Dự Án Cải Hoàn bị chính tay Shinji chấm dứt.

Và câu chuyện của ANIMA bắt đầu từ đây.

***

Eva-01 chụm hai bàn tay lại, như thể đang múc nước, và nâng chúng lên bầu trời trong xanh. Từ tầm mắt của Misato Katsuragi dưới mặt đất, hành động của người khổng lồ đó tựa như một sự cầu xin.

“Em đang cầm thứ gì vậy?” Misato hỏi lại một lần nữa “Shinji-kun?”

Chợt nhận ra câu hỏi của Misato, người lái của Eva-01 trả lời qua loa ngoại biên.

<Em tìm thấy mảnh vườn của Kaji-san – mấy quả dưa hấu của anh ấy.>

Khi trận chiến ở Trụ Sở NERV đang diễn ra, cả mái vòm của Tiền Địa Khu đã bị đánh sập xuống phía dưới mặt đất. Khu lòng đất yên tịnh nay bị giày xéo bởi bom đạn – “quà biếu” của Lực Lượng Tự Vệ Chiến Lược Nhật Bản (JSSDF) – cùng với những luồng gió hung hãn từ những cú đập cánh của đám MP Eva.

Việc mảnh vườn sống sót nguyên vẹn quả thực là một phép màu.

Sự sụp đổ của mái vòm đã phủ lên bề mặt dưới lòng đất một lớp tro bụi cùng các mảnh đổ nát từ vòm trần được gia cố và những toà nhà phía trên. Chỉ có vận may mới giữ được dấu hiệu duy nhất cho thấy mảnh đất này còn sót lại: một cái vòi nước vỡ đang phun thành đài.

Shinji nhẹ nhàng gạt những mảnh vụn sang một bên và tìm thấy những quả dưa hấu vẫn còn nguyên vẹn, cả dây lẫn lá.

Trước khi trận chiến diễn ra, cậu đã chăm sóc mảnh đất này thay cho người chủ đang vắng mặt của nó.

<Em không nghĩ là em nên trồng lại nó ở chỗ cũ nhỉ?>

“Thật sự thì không.” Misato chỉ tay về mái vòm bê tông mới đang được xây dựng, thứ sẽ bao bọc lấy trụ sở cũ và vùng đất xung quanh. “Khi cái vòm mới hoàn thành, khu vực này sẽ không còn bầu trời nữa. Và không có các tấm phản chiếu thì ánh nắng mặt trời sẽ không chiếu xuống tới đây. Sau khi trụ sở mới trên mặt đất xây xong, Tiền Địa Khu sẽ bị niêm phong.”

<Em cũng đoán là vậy. Vậy em sẽ đem nó lên trên mặt đất vậy.>

“Ryoji có nói gì về việc đó không?”

<Anh ấy nói em có thể làm theo ý mình.>

“…Vì dù sao thì, chính lựa chọn của em đã dẫn đến thế giới này” là phần còn lại của những lời Kaji đã nói. Nhưng Shinji đã giữ những lời đó trong lòng.