50 năm trước, một loài sinh vật được gọi là Kaiju đã bất ngờ xuất hiện trên trái đất, không ai biết chúng đến từ đâu, và cũng không biết chúng xuất hiện với mục đích gì, thế nhưng có một điều chắc chắn là nếu không phản kháng thì nhân loại sẽ diệt vong.

Hội Pháp Sư, một tổ chức có bề dày lịch sử hàng ngàn năm đã quyết định sẽ bảo vệ cả nhân loại khỏi Kaiju. Thế nhưng mỗi lần Kaiju xuất hiện thì số người chết vẫn lên đến hàng triệu người, mãi cho đến 5 năm trước, khi ma pháp thiếu nữ đầu tiên xuất hiện cứu vãn toàn bộ tình hình và sau đó các ma pháp thiếu nữ dần dần xuất hiện nhiều hơn, cứu cả nhân loại khỏi diệt vong

Tsubaki, một cô gái 15 tuổi đã vô tình trở thành một ma pháp thiếu nữ khi vô tình bị vướng vào một cuộc chiến giữa Kaiju và ma pháp thiếu nữ, vì muốn bảo vệ mọi người cũng như tránh tình huống bất trắc xảy ra một lần nữa.

Dần dần, cô cũng dần khám phá ra các bí ẩn đằng sau lũ Kaiju và cả về một thực thể cổ xưa được gọi là "hắn"