Trong 1 tương lai ko xa, giới kĩ sư Nhật phát minh ra một loại trang bị giáp máy kiểu exoskeleton gọi là Infinite Stratos. Với trang bị cùng khả năng chiến đấu đứng trên tất cả mọi thứ vũ khí đương đại, Infinite Stratos trở thành mối đe dọa cho sự ổn định toàn cầu Trước 1 siêu vũ khí như vậy, các quốc gia quyết định kí Hiệp Ước Alaska, trong đó nêu rõ giải trừ quân bị toàn bộ IS, đồng thời phân phối đồng đều IS trên toàn cầu, tránh tập trung quyền lực. Tuy vậy, với sự xuất hiện của IS, trật tự xã hội nhân loại bắt đầu thay đổi. Do chỉ nữ giới mới điều khiển được IS, cán cân quân bình nam/nữ bị đảo lộn, với việc phái nữ ngày càng nắm quyền nhiều hơn. 10 năm sau ngày IS đầu tiên xuất hiện, thế giới bước vào 1 kỉ nguyên hòa bình mới. Cho đến khi nền hòa bình tạm thời này bị phá vỡ do 1 phát hiện động trời: 1 cậu thiếu niên 15 tuổi người Nhật, Ichika Orimura, trở thành nam giới đầu tiên điều khiển được IS...