Đây là câu chuyện xoay quanh một sát thủ huyền thoại ẩn mình dưới chiếc mặt nạ, tên thật là Takahashi Katori. Sau khi bị gia tộc ruồng bỏ, Katori từ bỏ quá khứ để trở thành Phantom, kẻ thao túng trong bóng tối, với mục tiêu lật đổ những thế lực đen tối đứng sau tổ chức B.W.C. Được trang bị trí tuệ vượt trội và khả năng chiến đấu siêu phàm, Phantom không chỉ là một sát thủ máu lạnh mà còn là người nắm trong tay chìa khóa dẫn đến sự thật.

Truyện tập trung vào hành trình của Phantom khi cậu lần theo dấu vết những âm mưu và mối đe dọa từ các tổ chức và gia tộc quyền lực, dần hé lộ bí mật đen tối về bản thân và nguồn gốc sức mạnh của mình. Không ngừng đấu tranh với những câu hỏi về sự tồn tại của bản thân, cậu dần khám phá ra những điều không tưởng của thế giới rộng lớn này.